深錐濃縮機的運行主要在于泥床的控制，并且進料量與出料量必須保持平衡，進出料的不平衡將使泥床高度出現波動。較高的泥床容易造成大井溢流水的跑渾，扭矩報警燈不利于生產的現象。
較低的泥床則存在不能實現高低流濃度的可能。在前期的試車過程中，較高的泥床會實現高濃度底流的理念一直作為提高底流濃度的指導思想。但實踐證明，隨著泥床的升高，濃度的提高并不明顯，但相應造成的不利影響卻造成了二次濃縮停產。
泥床高度反而達到了17.5m，而底流濃度只有68.5%，并因為高泥床的不易控制，造成了溢流水的兩次大面積跑渾，影響生產。因此，高泥床實現高濃度這一理論在一定范圍內并不適用。
在濃度提高方面，深錐濃縮機自身也存在一些制約因素。深錐濃縮機在運行過程存在上清液隨進料礦漿形成的環流方向旋轉，此種液體的旋轉現象對礦漿的沉降存在不良影響，顆粒收到多個方向的力作用從而延長了顆粒的沉降時間。
因此，進料方式的有效改變將會形成更好的濃縮效果。另外，深錐濃縮機的設計在進料井出留有自稀釋窗口，理論上課講進料礦漿進行稀釋，實現45%～50%的礦漿稀釋到9.5%～10%，并且進料井外側頁面高于內部液體，形成外側上清液向進料井內部涌入，呈現進料礦漿向下壓的趨勢，而在現場實際運行中，并沒有出現明顯的外側上清液的涌入，并且稀釋后的具體濃度無法得到測量。
